Элизабет Костова родилась 26 декабря 1964 года в городе Нью-Лондон, расположенном в американском штате Коннектикут. Ее родители — преподаватели. Еще с детства она начала сочинять рассказы и стихи. Окончила Йельский университет со степенью бакалавра по английской истории и культуре. Тогда же она получила литературный приз Уолласа (Wallace Prize). Затем, в Мичиганском университете, Элизабет стала магистром изящных искусств, одновременно получив еще одну литературную награду — приз Хопвуда (Hopwood Prize; кстати, за черновики своего романа). В 1989 году она побывала в Болгарии и там познакомилась с Георгием Костовым, за которого через год вышла замуж.