Начал карьеру репортёра в 1979 году в Перу. В 1980-х освещал события в Центральной Америке для журнала Time.

Автор одной из известнейших биографий Че Гевары(«Che Guevara: A Revolutionary Life»), впервые изданной в 1997 году (русское издание — в 2009 году). В ходе работы над этой книгой Джону Ли Андерсону удалось обнаружить в Боливии тайное захоронение останков Че Гевары, которые были эксгумированы и перемещены в мавзолей на Кубе.